Vremea si ciclurile biologice schimba, pe parcursul anului, aspectul zonei Karimunjawa si posibilitatile de explorare. In general, sezonul de uscare aduce mari mai calme si feriboturi mai fiabile. Conditiile mononice pot perturba traversarile si pot reduce vizibilitatea, iar serviciile insulare pot deveni neregulate. Chiar si in luni favorabile, planurile de barca depind mai degraba de vreme locala decat de un calendar fix.
Perioada recomandata pentru vizitare este apr. - oct.; sezonalitatea este un factor important in planificare. In afara acestei perioade, verifica vremea, durata zilei, programul transportului rutier sau al feriboturilor si eventualele inchideri sezoniere inainte de a fixa itinerarul.
Feriboturile, tunelurile si vremea pot schimba ordinea opririlor dintr-o zi. Construieste itinerarul in jurul celei mai rare legaturi de transport, nu al celui mai apropiat punct de belvedere.
In cadrul geografiei sale mai largi, Karimunjawa nu este o exceptie izolata. Pentru Karimunjawa, contextul mai larg arata ca arhipelagul se afla in sfera culturala si economica a Java centrala, dar se simte separat geografic. Pentru Karimunjawa, deplasandu-se dincolo de cele mai aglomerate insule de zi-calatorie dezvaluie mangrove, sat si peisaje de apa de lucru alaturi de plajele bine cunoscute.