O singura vizita surprinde doar o etapa din ciclul anual al acestui loc. Vremea variaza in intreaga regiune mare, dar marile mai calme sunt in general asociate cu emisfera nordica luni de iarna. Ploaia poate sa ploua tot anul. Marimile, curentii si vanturile influenteaza rutele mai direct decat conditiile rutiere, consolidand ritmul apei din arhipelag.
Perioada recomandata pentru vizitare este oct. - apr.; sezonalitatea este un factor important in planificare. In afara acestei perioade, verifica vremea, durata zilei, programul transportului rutier sau al feriboturilor si eventualele inchideri sezoniere inainte de a fixa itinerarul.
Feriboturile, tunelurile si vremea pot schimba ordinea opririlor dintr-o zi. Construieste itinerarul in jurul celei mai rare legaturi de transport, nu al celui mai apropiat punct de belvedere.
Privit in contextul regiunii, peisajul din zona Raja Ampat nu este un caz izolat. Raja Ampat formeaza marginea vestica a regiunii Capului Pasarii din Noua Guinee si se conecteaza ecologic cu Halmahera, Cenderawasih Bay si Triunghiul Coral mai larg. Semnificatia sa consta in aceasta vasta retea marina, nu numai in faimoasele clustere ale insulelor carstice.